En un Windows de 64bits más que problemas de incompatibilidad con aplicaciones las vas a tener con los drivers para el hardware, ya que hay muchas compañías que no se han puesto a ello aún.
Si te vas a comprar un portátil, creo que a no ser que te vayas a segunda mano va a ser 64bits y dual core por cojones. Y si el portátil es de marca, te vas a comer un Vista de 32bits quieras o no.