En Fedora y en cualquiera, se refiere al juego de instrucciones que el compilador ha usado. i386 es el juego de instrucciones de los primeros intel 80386, mientras que i686 es el juego de instrucciones de los pentium pro, si no me equivoco, o pentium II en adelante, algo así. i686 incluye las instrucciones de i386 y añade más.
En teoría se consigue más rendimiento con i686 puesto que las aplicaciones están optimizadas para procesadores más nuevos, con operaciones más sofisticadas que requieren menos ciclos o ahorran operaciones, etcétera. En la práctica, lo más probable es que no notes ninguna diferencia con los procesadores actuales, tal vez con aplicaciones multimedia.
En fin, seguro que alguien se explica mejor que yo. Un saludo
