El problema no es un programa que te permita grabar, sino que la tarjeta de audio te lo permita.
Tenes que verifiçcarlo en la configuracion de entrada de señal del programa que estas utilizando.
Cualquier programa de edicion de audio te permite grabar de las diferentes entradas de la tarjeta:
-->Entrada de Linea
-->Entrada de microfono
-->Entrada S/PDIF
-->etc...
Y la que necesitas
-->Lo que se oye
Lo que podes hacer si queres grabarlo es conecta la salida de auriculares de un PC (El que reproduce el audio) a la entrada de linea de otro PC (El que graba), y escuchar los dos temas mientras la segunda PC graba.
Saludo