La verdad es que no tengo ni idea de si lo hacen con un programa especifico.
Yo creo que es una mezcla, un poco de 3d por aqui (3Ds Max, Lightwave, C4D, Maya...) un poco de photoshop por aqui, un poco de edicion de video, y voilá!!
Ya tienes tu logotipo animado.
Si tienes conociomientos de 3Ds Max no tiene que ser muy complicado hacer alguno...