Si desactivas la memoria virtual, estás truncando la jerarquía de memoria (es decir, la cadena de distintas memorias cada vez con más espacio pero cada vez más lentas, desde la cache L1, a la L2, de ahí a la RAM, y de ahí al disco duro). Si te cargas el último eslabón, estás rompiendo la base del funcionamiento de cualquier sistema operativo.
No lo veo nada aconsejable.
En cuanto a ponerla en un disco u otro, la verdad es que no sé hasta que punto habrá diferencias.