M3 y R4 son iguales (el hilo realmente sería sobre
Pareja de ases 
M3 Simply/R4 y Cyclo evolution

). El firmware arregla todos esos fallos que comentas (brillo y demás opciones). Ahora mismo el firmware 1.11 para R4 es exactamente igual al 1.07 de M3 Simply, y hacen exactamente lo mismo.
Por si no te lo crees:
usar firmware r4 en m3 simply
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Hay aplicaciones para hacer compatible la expansión triple pack de EZ con los flash carts de slot 1. Cyclo Evolution va a incluir soporte directo a esta expansión en versiones nuevas del firwmare.
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Todos tienen autoparcheo con DLDI de las aplicaciones caseras (homebrew), por lo cual, no van a tener problemas de incompatibilidad.
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También tienen altísima compatibilidad con el modo de juego en desgarga DS.
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Ya habrás leido las cosas que trae el cyclo evolution: menus completamente táctiles y personalizables en varios idiomas, incluyendo español, soporte tarjetas hasta 32 GB, menú realce para cambiar opciones y brillo durante el juego... El cyclo evolution tiene buenas perspectivas de futuro. Es más caro, pero parece que va a traer muchas y diferentes opciones.
A dia de hoy, desde mi punto de vista personal,
en las cosas realmente importantes , los 3 son exactamente iguales: M3 Simply y R4 (que de por sí son iguales

) y el Cyclo Evolution (este se diferencia en pequeños detalles, que tú mismo tendrás que valorar si valen los euros que hay de diferencia...).
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un saludo!!!