Por supuesto es mejor opcion la ultimate.
La version 64 bits necesitas drivers firmados por microsoft, asi que puede que tengas problemas para perifericos que no quieran pagar esa licencia (no dispondrias de drivers) por lo demas es aconsejable ponerse esta version si tu procesador es compatible.
Aparte decirte que porque intales la version de 64 no todos los programas funcionan a 64 bits. La mayoria siguen haciendolo en 32 bits excepto los que se han diseñado especificamente a 64 bit, como por ejemplo Microsoft internet explorer 64 bit que por cierto tiene ciertas pegas como que los plugins normales no le van (macromedia por ejemplo, por lo menos cuando yo lo probe)