Hola
No especificas si se trata de archivos de datos para tratamiento automatizado cuyos datos han sido obtenidos por internet o no.
Si se trata de un archivo automatizado de datos, hay que declararlo y registrarlo oficialmente ante la AEPD.
Tienes que leerte la Ley Orgánica de Protección de Datos de 1999.
También te aconsejo leerte resoluciones sancionadoras (que están publicadas en su página) para ver cómo sanciona la AEPD y cómo interpreta la ley.
Hay empresas que se dedican a hacer auditorías para ver si tu página web cumple los requisitos de la LOPD.
Ten en cuenta, además, que aparte de la LOPD hay que cumplir también con la LSSICE (Ley 34/2002, de 11 de julio, de Servicios de la Información y de Comercio Electrónico) si tu empresa presta servicios de la sociedad de la información, o comercio electrónico.
Hay despachos de abogados que están especializados en estos temas, por ejemplo
éste, que incluso publica extractos de sentencias en su página web.
La página de la AEPD es fundamental y ofrece mucha información:
https://www.agpd.es/index.php
Aparte de esto, los informáticos que se dedican a estos temas supongo que entenderán del tema, es su obligación, si programan una base de datos qué menos que conocer la legislación que les afecta, al menos si son gente responsable y profesional.
Saludos