Mi computadora es DFI con chipset nForce4SLI y la tarjeta de video es una saphire Radeon X700Pro y no hay ningun conflicto. Eso si, como es SLI esta optimizado para sacar provecho del par de tarjetas de nVidia listas para SLI, pero en tarjeta individual tienes el maximo rendiomiento que la tarjeta te puede dar sea -asco, asco, asco- nVidia o AMD/ATI.
Lo que si afecta es lo bien hechso que esten los controladores, por ello procura ver de vez en vez si hay version nueva en este caso del Catalyst para el video y los nforce para el chipset.