Pues no sé, inténtalo hacer manualmente, yo no conozco ningún programa para eso, a lo mejor existe pero no he oído hablar de nada así. ¿Es para un trabajo o algo así? ¿A partir de una foto, no? Amplía la foto, recorta los cromosomas, los comparas en longitudes y los separas segun longitud e índice centromérico, es la única forma que conozco, práctica y rápida.
Saludos