Yo casi no sé nada, pero lo único que necesitas saber, es que el archivo .pnproj es el proyecto, con el formato para el Programmers Notepad; que dentro de source va el codigo del programa (puede ser en C o en C++, si no me equivoco), logo.bmp y logo_wifi.bmp son los logos que se pueden ver en caso que el sistema de arranque (por decirlo de alguna manera) que utilices los pueda visualizar. Las carpetas include y data, yo aun no tengo muy claro para qué se utilizan, y el resto son archivos necesarios para compilar el programa. Una vez compilado te apareceran nuevos archivos y carpetas: la carpeta build, que contiene archivos de la compilacion, y también te aparecen los programas en .ds.gba, .sc.nds y .nds.
Que alguien confirme y termine mi explicación, añadiendo lo de include y data.
Los tutoriales... creo que lo mejor que encontrarás, al menos en castellano, es el tutorial para el Hello world!, y el resto son manuales para entender cada función, no tutoriales en si.
http://www.area-ds.com/viewpage.php?page_id=12
En esta web encontrarás los tutoriales de talfi y algunas cosas más.
