Comprueba que tienes bien la configuración de los jumpers, tanto de la grabadora como de los discos duros.
Entra en BIOS y activa el modo de transferencia por bloques (IDE HDD BLOCK MODE) y el PCI IDE BusMaster (Si tu BIOS no tiene estas opcion es no te preocupes, quiere decir que lo hace automágicamente)
En cuanto a la memoria, hay placas que para tener rendimiento óptimo necesitan tener los módulos mas rápidos y de mayor cantidad en el slot 0 (más cerca del procesador) y los más lentos al contrario, yendo de mayor capacidad/velocidad a menor.
Con el tema del window$ comprueba que tienes el DMA activado en todos los dispositivos. (Panel de Control-> Sistema -> Hardware -> Administrador de dispositivos -> Controladores IDE -> Canales IDE (Comprueba ambos, primario y secundario))
A veces al instalar dispositivos al window$ se le pira.