Mejor por ethernet.
Diferencias? pues ninguna salvo que el usb consume un poquito de cpu (eso dicen, la verdad es que no se nota)
Pero por ethernet no tendras necesidad de intalar driver del modem y esto es una gran ventaja
Tambien si lo pones por usb, tendras uno siempre ocupado solo en eso, pudiendo tenerlo libre para otras cosas