Matoska es un contenedor mas que un formato de video, asi en los MKV pueden venir el video en DivX, WMV AVI estndar, MPEG, etc, el audio en MP3, Ogg vorbis, DolBy Digital -AC3-, DTS, WAV, PCM, etc, los subtitulos en SRT, ASS, SSA, SUB, etc.
Ve a la pagina oficil de matroska y baja el matroska Pack, este archivo abre el contenedor y dirige cada pieza al codec adecuado cuando, todo esto de forma transprente cuando abres el archivo MKV con tu reproductor preferido.