Es que con el Paint...
Lo suyo sería escanear las imágenes, darle un poco a los niveles, contraste o umbral para limpiar los píxeles y una vez limpiados darle al bote de pintura con selecciones/acciones. Con el Photoshop claro.
Otra cosilla sería toquetear la configuración del escáner para conseguir imágenes lo más contrastadas posibles y así evitar los píxeles. Sería bueno rotular en negro los dibujos, pasarle una goma, y probar suerte.