Pues, no te entiendo muy bien, pero como ya has dicho tu mismo, si formateas la C, a la unidad J (¿que letra más rara no?), no le va a pasar nada, se quedará como está.
En cuanto a lo otro, si que no entiendo nada... no se si dices que sistema de archivos (FAT, NTFS, EXT*...) o como formatear.
Si es el sistema de archivos, mejor usa NTFS. Si preguntas sobre como formatear, pues metes el disco de windows xp y ahí te lo formatea; aunque si no es la unidad dónde está el SO, puedes usar el partition magic o acronis disk, o incluso el de windows...
y ay ya me pondra pa formatear no? esque yo antes lo acia metiendo cd del windows xp y reiniciaba y iniciaba el cd con algun F no recuerdo cual si era F8 nose.. y leugo ya ponia format c: pero no recuerdo si me decia de elejir que particion.. Gracias saludos y lo siento si no me explico bien 