Yo creo que los mejores programas son utorrent, eMule (con algún mod como Xtreme, mejor) y Pando.
El más rápido de largo es Pando, ya que no depende de seeds ni leechers, es descarga directa. Lo malo es que cuesta encontrar los archivos y son de rotación corta.
El bittorrent lo suelo usar para archivos grandes, digamos de más de 300 mb, como series, pelis, juegos (todo lo que no se encuentre en Pando).
Y el eMule es el más multiusos. Es donde hay más archivos, de rotación más larga. Encuentras de todo, y mucho. Lo malo es que para que descargue relativamente rápido debes compartir bastante y dejarlo bastante rato encendido.