Entra en inicio -> ejecutar -> msconfig -> inicio -> y desactivas todo lo sospechoso o básicamente todo menos lo que quieres que se te inicie nada más arrancar windows.
Prueba tambie´n a escanear el sistema desde modo seguro con nod32 o kaspersky, y spyboot search and destroy, por si lo que no te deja arrancar es algún malware.
Si con todo eso no se soluciona prueba a hacer un chkdsk /r desde la consola de recuperación