Pero la desincronización a que se debe? Te venía ya así, o lo has capturado tu mismo?
Yo creo que con el VirtualDubMod puedes corregirlo, y dependiendo de cual ha sido el motivo de la desincronización, busca en google por "sincronizar virtualdub", que te saldrán casos y maneras de sincronizar audio y video.
Saludos.