El adobe premiere es muy complicado de usar...
Adobe tiene otra version un poco mas simple de usar que es el Adobe After effects... Pero no pilla avis... Solo RGB, mpeg, mpg, wmv... etc...
El virtualdub tambien es muy util para estas cosas combinado con el sub station alpha... Pero solo pilla videos con caracteristicas identicas (puedes pasarlos todos 1º al mismo formato y luego cargarlos todos)
Aunque yo me quedo con el Adobe premiere para hacer estas cosas, si no estas muy familiarizado con el tema este, intentalo con el Adobe After effects.