Setup.exe no es ningun virus (en si) pero cambia de nombre para poder ser mas "oculto".
Si aun despues de eliminarlo el PC (mas bien Windows) no va bien lo ideal es formatear, tambien puedes probar a usar la consola de recuperacion, pero mas fiable es el formateo.
Y lo de siempre, SP2, update al dia, router multipuesto o en su defecto un buen firewall (kerio 2.1.5), etc............