Pues prueba a sacar el pendrive "a pelo". Yo lo hago desde hace años sin ningún problema (eso sí, me aseguro de que haya dejado de leer/escribir). En una revista hicieron un estudio desenchufando un pendrive miles de veces "a pelo" y desconectándolo primero, y llegaron a la conclusón de que daba exactamente igual cómo hacerlo.