El disquette de arranque no tendra los drivers de cdrom , por esa razon no reconoce la unidad D, porque en msdos si no se pone en los comandos de inicio(archivos autoexec.bat , config.sys), no carga ninguna unidad que no sea el disco duro, y ademas si el disco duro esta en NTFS o sin particionar(muy probable) tampoco te lo reconocera.
En cuanto a que no inicie del CDROM, (si en la bios esta bien puesto el orden de arranque), es posible que la copia del cd de instalacion no este bien copiada y por eso no funcione el sistema de arranque.
