Me parece entender el problema realmente no es si se puede o no instalar el S.O. en un disco u otro, eso a mi entender es lo de menos, es decir como bien se ha apuntado por aquí puedes instalarlo desde un IDE desde otro ordenador y despues meterlo en la cajita USB u otras opciones tipo GHOST etc etc etc
La cuestión es si desde un puerto USB es capaz de arrancar el ordenador o no. Yo debo de decir que hasta ahora no me encontrado ninguno que pueda hacerlo, pues desde la BIOS me ha permitido muchas opciones, pero nunca desde un puerto USB. Ojo, yo no me lo he encontrado, pero desconozco si se puede o no hacer, esto evoluciona tanto que ni dios sabe ....