Hola, claro que lo puedes hacer, pero ten encuenta el tema de master (maestro), slave (esclavo), es decir, en la parte trasera de los disco duros y lectores, existen unos jumper donde configurar esto, uno lo debes de poner en master y otro en esclavo.
Te puede quedar por ejemplo así...
IDE1....los disco que tienes.
IDE2....el disco duro nuevo y un lector o grabador de CD o DVD.
Saludos.