Creo que el más potente es Fortune3 E-Commerce Shopping. Eso sí, es de pago y sale por unos 500$. Yo antes de pillar un e-commerce me pensaría contratar a un estudio de diseño y desarrollo web para que te hagan algo a tu medida, que si no necesitas muchas cosas te puede salir más barato.
Tambien tienes osCommerce, PHP+SQL. Que es tambien muy bueno, además gratuito (open source). Es el que yo he usado y está muy bien. Para descargas y demás:
http://www.oscommerce.org/
En la misma línea tienes a phpShop, que también es gratuito y opensource, su url aquí:
http://www.phpshop.org/
Para PERL tenemos Interchange:
http://www.icdevgroup.org/. Que funciona con muchas bases de datos distintas, aunque este no lo he probado personalmente y no se que decirte de él.
Personalmente te recomiendo osCommerce, es el que más documentado está y el más fácil de montar, en unas horas puedes tener una tienda completa funcionando con todo lo que necesites.
