Vale, ahora sí que te he entendido bien
El problema principal es que usas dos programas diferentes con la misma finalidad, por lo tanto ningun programa sabe exactamente qué es lo que has leído/dejado de leer desde el otro programa.
Lo ideal sería una aplicación con versión windows/linux y tener la suerte de que usen el mismo tipo de ficheros de configuración.
Es decir, por ejemplo acceder a la partición de windows desde linux, y en la aplicación linux decirle que use los datos del directorio de la aplicación windows.
Sinceramente, lo que intentas lo veo un poco rebuscado. Si no te convence netvibes puedes probar bloglines o otros.
Saludos