Yo sinceramente me olvidaría un poco de Java o JavaScript y primero intentaría crear un boceto de lo que quieres hacer.
Con eso ya te haces una idea de lo que quieres hacer y que necesitas.
Por ejemplo, Photoshop en mi caso es indispensable y Dreamweaver es perfecto para ayudarte con el código de la web.
Ya luego si quieres podrías añadir los efectos que quieras, aunque para eso Flash es el rey.
Java y JavaScript se pueden usar en el diseño de webs, el primero no es muy aconsejable porque todos los usuarios que quieran ver bien tu web tendrían que tener instalada y cargada la máquina virtual de Java.
El segundo, JavaScript es bastante util en algunos aspectos de la programación web. De todas formas la mayoría de las cosas que quieras hacer estarán hechas por otra gente y por lo tanto sólo tendrías que copiar y pegar el código.
Saludos