Discrepo. El escritorio es para poner lo que quieras, sin que deba borrarse por ningún motivo.
Cada uno ordenará a su manera, ¿no?
A todo esto, si quiero que el restaurar sistema restaure los programas instalados, el registro de windows, todo... menos los archivos del HD (sean en el escritorio, sean donde sean), ¿cómo debería hacerlo?