Suponiendo que el problema esté solo en el nombre de los archivos y no en su contenido, creo que pueden ser dos cosas:
-No tienes soporte en tu sistema para la codificación usada en Windows
-Estás forzando una codificación incorrecta al montar el punto de montaje de Windows
Para lo primero, consulta las opciones del kernel que se encuentran bajo [File systems --->Native Language Support --->] y lee la documentación de tu distribución para dar soporte a las locales y las codificaciones.
Para lo segundo, asegúrate que no estás forzando ninguna codificación en /etc/fstab. Para mas información, consulta man 8 mount y man 5 fstab
Si el error se da también en el contenido de los ficheros, entonces, probablemente la causa sea la primera opción.
Saludozzzzzz