problema-duda en web sobre java

tengo q acer una web similar a esta:
http://www2.uca.es/dept/cmat_qinor/mea/paginas/portada.html


mi problema es el siguiente:
tengo q quitar el todos los enlaces de la parte superior y q permanezcan el menu d la izq. Todo es una aplicacion java por lo es imposible quitar esos enlaces solamente.
mi idea era cambiar la web, poner un marco superior para poner el logotipo, y otro en la izq tal como esta ese pero no como mantener el mismo menu ya q esta en lenguaje java, o algun codigo html para hacer otro menu similar (es un menu desplegable, mirar en publicaciones).


el programa java es el siguiente: y sta en un archivo *.js

function poner_menu_departamento(){

menu_apertura();

menu_enlace_simple("default.htm","Portada","Portada","");

menu_enlace_simple("presentacion.htm","Presentación","Presentación","");

menu_enlace_simple("objetivos.html","Objetivos","Objetivos","");

menu_enlace_simple("cometidos.html","Cometidos","Cometidos","");

menu_submenu_apertura("Personal","Personal","Personal");

menu_submenu_item("personal.html","Estructura de Personal","Estructura de Personal","");

menu_submenu_item("gestorweb.html","Gestor Web","Gestor Web","");
menu_submenu_item("a.htm","qweeb","sf","");

menu_submenu_cierre();

menu_enlace_simple("sugerencias.html","Buzón de sugerencias","Buzón de sugerencias","");

menu_enlace_simple("novedades.html","Noticias","Noticias","");

menu_cierre();

}


por si me podeis ayudar a como meter dicho programa java en el marco izquierdo.

gracias aunke sea solo por aver leido mi problema

saludos!
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