Yo ahí no veo ni una sola línea de PHP...eso es HTML puro y duro
Sobre el problema...¿no podría ser del AdBlock? Tal vez el nombre de tu flash o la dirección colisiona con el Filterser.G o algo así...
Además, el código de la web está sucísimo, menudo potaje, con razón no se vé bien. No hagas mucho caso al IE porque "se lo traga todo" literalmente hablando, y después pasa lo que pasa, que le metes una web maliciosa a posta y ale, spyware pal´ PC xD
¿cómo has añadido ese banner? Yo de PHP-Nuke no entiendo mucho porque nunca lo he usado, pero supongo que tendrá una carpeta para modificar los templates (algo así como los .tpl del phpBB), una especie de archivo de cabecera...
¿de dónde has sacado ese código para añadir un flash? Yo no me fiaría mucho del código del Dreamweaver...ahora mismo no sé el código concreto de una animación flash en HTML, pero ese pedazo código me parece demasiado grande para tan poca cosa...
Además, el "borde" negro que rodea toda la web no se vé en Firefox, sólo en IE.
Aunque fuese una lata, yo que tú haría desde 0 el diseño de nuevo, o si usaste una plantilla ya hecha, me bajaría otra...a veces te bajas cada cosa por ahí...
Por cierto, esa web está en PHP-Nuke de toda la vida... ¿tal vez te refería a eso con lo de "ayuda con PHP"? Usa mejor Post-Nuke. Creía que php-Nuke había desaparecido para siempre