Pues no veo ninguna relacion yo tampoko con los problema q explicas, parece ser q se han cargado algo del explorer, pero si has reinstalado y revisado todo eso, no creo q sea nada mas, pq creo q no guarda mas q otro programita en el registro, asi q no creo q sea eso, ademas si no tubiera datos en el registro te dejaria borrarlo, y no creo q alguien haya sido selectivo con los registros del explorer, asi q solo se me ocurre una cosa, habeis intalado algun tipo de anty-spyware, algun controlador de registro, algun firewall nuevo etc... ??
Hay antyspywares q te bloqean controles java, directX etc... como por ejemplo spywareblaster, miratelo a ver... ya contaras mas
UN saludo