La opción de mayor rendimiento pasa por cambiar el disco duro. Has de tener en cuenta que ese HD es muy antiguo, y su limitada tasa de transferencia está generando un cuello de botella importante.
Si te va bien la aplicación bajo Win98 no es necesario que la cambies, y tiene pinta de que esa aplicación corre bajo MS-DOS, con lo que no es seguro que te funcione bajo WinXP.
De todas maneras, Win98 no aprovecha al máximo ningún ordenador moderno, así que si la aplicación te funciona en XP, mejor XP. Haz la prueba con una copia de la aplicación en el HD nuevo, y si no tira, Ghost de lo antiguo...
Saludos