Te cuento lo que he hecho yo:
Abres el Windows movie maker.
Arrastras el video.
Con el botón derecho, pinchas y le das a silenciar clip.
Arrastras el archivo de sonido a la zona correspondiente (debajo del video) y le das a guardar película. Ahí lo tienes.
Consejos, el WMM es una caca de la vaca, ten cuidado de guardar después de cada paso o te hartarás de repetir lo mismo varias veces (ahí abajo está mi post quejándome de eso).