Lo he usado varias veces, la inmensa mayoría de ocasiones como medio de pago en compras realizadas en eBay, y nunca he tenido el más mínimo problema. Según tengo entendido es uno de los métodos de pago más usado en Internet, si no el que más, así que de fiabilidad y seguridad anda bastante bien. De todas formas, más que el método de pago que uses, quizá lo importante en temas de seguridad es a quien realizas la transacción y si éste es totalmente fiable.
El método de registro es parecido al de cualquier web; introduces un nombre de usuario, una dirección de correo electrónico, una clave (que, evidentemente, debe ser confidencial) y un número de tarjeta de crédito (VISA, MasterCard, etc. . .), cuya cuenta será la que uses para pagar. Podrás ver el saldo de la misma en la pantalla principal de PayPal, y también tendrás información constante de las transacciones que realices con su correspondiente coste. Por supuesto, todos los movimientos que hagas por medio de PayPal se reflejarán en tu cuenta si vas al banco y sacas un extracto (por ejemplo) de la misma manera que se debe reflejar cualquier movimiento, con su correspondiente importe, destinatario, y demás datos.
En la página de PayPal tienes muchísima más información en general.