Puede ser que tengas el eje del disco duro cascado, ya que se ha desgastado el cilindro que sirve de soporte a los platos, y como consecuencia tiene un poco de holgura el disco duro, prueba a ver si poniéndolo en otra orientación te casca o no, a mi padre le pasó lo mismo pero con un disco duro de portátil, si lo ponía en vertical dejaba de sonar el disco e iba a las 1000 maravillas.
