Hola:
Si es lo que yo pienso es porque sin hacer ningun tipo de proceso solo se puede cortar un video a partir de los key frames, en un video los keyframes son aquellos que estan codificados sin hacer referencia a los demas frames, el resto hacen referencia a los demas frames (viene a ser, del keyframe anterior a este ha cambiado esto), se hace asi porque los keyframes ocupan mucho mas que el resto de los frames, asi que cuantos menos haya mejor en espacio, pero peor para cortar y avanzar rapido.
Al cortar el ending lo hace "bien" porque no te puedes llevar ningun keyframe al que se haga referencia, en cambio al cortar el opening si te puedes llevar alguno y si lo cortase a saco se veria mal hasta el proximo keyframe.
Si es por esto imagino que en el virtualdub el modo de proceso de video lo tienes en "direct stream copy", con ponerlo en "full processing mode" se arregla, pero no se si esto implica recodificar el video entero ya que solo he usado el virtualdub para poner subtitulos a los videos. De todas maneras imagino que pasara con todos los programas, ya que no es problema del virtualdub sino de la manera que se codifican los videos.
saludos
