Los discos duros se pueden apagar después de x minutos a través de las opciones de energía, pero es después de un tiempo de inactividad, y no lo puedes hacer disco por disco. Luego esto no te vale.
Lo único que se me ocurre es que le compres una caja externa USB, así podrás encenderlo y apagarlo cuando quieras, y de paso te lo podrás llevar a donde quieras...
Saludos