Pues te veo mal...
Asumo que te refieres a un MP3... Si fuese un archivo que contiene notas, como un MIDI, un MOD, S3M, IT, XM, seria sencillo, pero extraer el sonido de un solo instrumento en un archivo de ondas, como WAV o MP3 solo se puede hacer con complejos filtros de frecuencias, y el resultado generalmente va a ser bastante horrible...
No te se decir de ningun programa que intente hacer eso automaticamente, pero con cualquier programa de edicion de audio, como Audacity o Cool Edit (ahora Adobe Audition), y haciendo 1000 pruebas con los filtrados por frecuencia, igual consigues algo lejanamente parecido... si te ves con ganas, prueba eso.