Hola!
Si has logrado instalar windows y tu placa reconoce las unidades en principio deben funcionar correctamente.
Supongo que habrás revisado los jumpers, quizá tu placa base reconozca esa configuración pero, luego el sistema operativo se haga un lío. También pueden haber conflictos por recursos, etc ...
Intenta arrancar Windows con únicamente una de las dos unidades conectadas y luego apagas e instalas la otra, a ver que pasa.
Un saludo!