Intenta pasarle el scandisk a ver que te dice.
También prueba desde la consola del msdos poner FDISK /F, a ver que te sale.
Por último intenta localizar ese fichero el NTFS.SYS en tu disco duro, utiliza inicio/buscar/archivos o carpetas, y una vez localizado, intenta sobreescribirlo con el de otro sistema operativo igual al tuyo o si lo encuentras mejor, desde el cdrom de instalacion del windows.
Suerte.
PD: Yo desde el ordenador del curro (estoy ahora en el, jejeje), he encontrado ese fichero en C:\WINNT\SYSTEM32\DRIVERS , este ordenador tiene el SO windows 2000 service pack 4. Por lo que parece, es un problema del fichero de drivers de tu disco duro, y no del disco duro en sí, estará corrupto el fichero, reemplazalo y verás como todo vuelve a la normalidad.
