Bueno no soy un experto pero intentare orientarte.
Primero depende de tu presupuesto, si no tienes problemas pues adelante.
1. El dual core es un microprocesador de doble núcleo, se supone mucho más potente a misma velocidad, pero no sé que decirte hasta que punto le puedes sacar probecho, ante la duda y por diferencias de precio quedate con el 3500.
2. Sin dudarlo la 7800, es más nueva, con más opciones por hardware, más potente, más de todo, en rendimiento lo debes de flipar... Lo de PCX es PCI EXPRESS, supera a AGP con creces en velocidad y rendimiento una agp funciona a 8x y PCX a 16x, pero asegurate que la placa base soporta y tiene slot PCX.
3. Disco duro SATA sin dudarlo, quiere decir que los datos se envian en serie no en paralelo como siempre ha sido, es mucho más rapido el disco duro y te dará transferencia de datos muy buenas, estamos con lo mismo que la grafica, asegurate que tu placa base lo soporta.
No dices si la placa base la compraras nueva o aprobecharas la antigua, depende de lo antigua que sea, posiblemente debas comprar una nueva que te soporte todo lo que quieres meter.