Estaria bien saber que monitor tienes y que grafica para poder ayudarte, pero te dire que se debe principalmente al refresco vertical de la tarjeta y del monitor.
Normalmente uno tiene el escritorio en , p.ej, 800x600 a 75Hz y el monitor esta configurado y centrado para esta resolucion y frecuencia.(Ademas del modo 16/24/32 bits)
Lo que te recomiendo es que pruebes una a una todas las combinaciones:
es decir: empiezas por 16 bit: 640x480, 60Hz y centras el monitor para ese modo.
640x480, 72 Hz y centras el monitor.
etc,etc
800x600, 60 Hz y centras....
24bit: 640x480, 60Hz.....
etc,etc
