Hola,
Para poder meter las copias al disco duro necesitas tener un programa especial.
Existen varios en el mercado. En mi caso yo empleo el HDD Loader Advance 2.0 (25€ a 30€). Es sencillo de usar, carga en poco tiempo y te permite configurar el modo de arranque del juego (algunos necesitan configurarse de manera especial para que funcionen). En este foro creo que hay un listado con todos los juegos y los modos en los que deben arrancar.
La posición Jumper del disco duro debe ser CS (Cable Select), ni Master ni Slave.
Espero haberte ayudado..
Saludos.