Perdida de rendimiendo en windows XP / 2000

El caso es que he notado una perdida de rendimiento en el windows 2000 y windows XP exagerada desde que instale anoche ubuntu, es decir a la hora de manejar programas y tal va igual pero a la hora de arrancar el sistema tarda muchisimo mas. Los 3 S.O. estan en el mismo disco duro instalado pero en distintas particiones alguien sabe pq puede ser?
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