Yo he hecho algo parecido con unos apuntes de una asignatura vitual: copié el texto en word y luego modifiqué los hipervínculos. De tal manera que lo copie donde lo copie, los enlaces a archivos externos (en este caso son presentaciones de power Point) siempre me funcionan.
De hecho, acabo de probar otra vez cambiandolo de carpeta y tal, y funciona, así que te cuento cómo lo he hecho:
Creas el hipervínculo, busca el archivo a enlazar pero NO le des luego a aceptar. En lugar de eso, borra todo menos el nombre de la carpeta que contiene el archivo que enlazas. Quedaría así en mi caso:
presentaciones/Presentación1.pps
Los directorios de tu trabajo serían entonces:
Trabajo
Trabajo/Documento.doc
Trabajo/Archivos/archivoenlazado.html
Si lo comprimes en un zip y se extrae respetando la estructura, debería funcionar perfectamente siguiendo los pasos que te he dicho.
Suerte!