Pues, de clientes FTP para linux, exceptuado el gFTP, freeware no se me ocurre ninguno decente, shareware IglooFTP PRO, que es bastante mejor que gFTP, bajate la demo y comprueba, supongo que con ese te tendría que funcionar. Aun asi gFTP tiene soporte para proxy HTTP y segun dices debería de funcionar, mira haber si tienes activado el firewall o que reglas tienes puestas, ya que se hacen un lio con el PassiveMode, y tienes que marcar una opcion para decirle que tienes firewall para que sepa redireccionar.
Salu2
