Aquí hay un problema, los CD's o DVD's de PS2 o cualquier otra consola vienen grabados en un orden específico para que queden en una posición determinada, o sea, lo que llaman LBA. La LBA es un número que indica donde comienza un archivo y comienza otro. Si tu abres un disco con la PC y mediante el explorador copias los archivos al disco duro y con un programa creas un CD/DVD rom, el programa los graba en otro orden, lo que hace que la consola no los reconozca.
Para extraer correctamente un CD/DVD se hace una imagen del mismo para no perder la estructura de archivos. Pero si lo que se quiere es extraer los archivos de forma independiente se debe hacer con un programa que sea capaz de extraer los archivos y dejar un registro de las LBA, como el Iso Buster, él te crea un archivo de texto con la lista de archivos y sus correspondientes LBA's.
Posteriormente, para volver a crear un CD/DVD, se debe usar un programa que te permita definr las LBA de cada archivo, como el CD/DVD Generator, para que la estructura de archivos sea idéntica a la original y así la consola lo reconozca.
Si simplemente copiaste los archivos del disco al PC y no tienes registro de las LBA, yo diría que no pierdas el tiempo en grabarlos.