Pues depende de la placa y de las conexiones
Por ejemplo es la ASUS con 3 conexiones solo de audio para tener 5.1 se usaba el line in(azul) el line out(verde) y el mic in (rojo) y cada uno sacaba una cosa. Verde altavoces normales, Azul Subwoofer y central
Rojo los traseros (no se si el verde y rojo los he cambiado)
Si tienes mas conexiones de audio p.e 5 pues la cosa no plantea problema.
Si tienes chip nforce creo que habia una utilidad para configurar los altavoces cuando solo tenias tres conexiones (las de siempre vamos)
Lo mejor busca en internet el manual de tu placa
